Okul programlarının ilginç ve önemli özelliklerinden bir başkası da öğrenimin başından sonuna kadar ilgi ve yetenekler ve öteki kişilik özellikleri açılarından söz konusu olabilecek bireysel farklılıklara verilen önceliktir. Hazırlık okullarındaki öğrenciler ilgi ve yeteneklerine göre askerlik ve savaş becerileri, dil ve edebiyat, çeşitli el sanatları, hattatlık vs. gibi alanlardan birinde gelişip yetişme olanağı bulurdu. Daha ileri düzeyde eğitim göremeyecekleri anlaşılanlar bu aşamanın sonunda Yeniçeri, sipahi ocakları ile ordunun inşaat, ikmal ve benzeri hizmetlerine aktarılırdı. Yahut da sarayın ihtiyacını karşılamak için kurulmuş çeşitli atölye ve imalathanelerde çalışma olanağı bulurdu.
Üst öğrenim aşamasında da tutum aynıydı, öğrenci yeteneklerine uygun çeşitli öğrenim kanallarından birinde yetişirdi. Anlaşıldığına göre Türkçe, okuma, yazma, Arapça, Kuran ve din derslerinin dışında bütün öğrencilerin ortakcıl olarak izlemesi ve başarması zorunlu olan dersler yoktu. Bunların dışında ortakcıl olan öğrenim alanları "beden eğitimi, savaş becerileri" gibi konulardı. "Arapça dil ve grameri, Farsça ve edebiyatı, fıkıh, tefsir, Türk Edebiyatı vs." gibi konular üst öğrenim aşamasında izlenmesi ilgi ve özel yeteneklere dayanan konulardı. Bunlardan başka öğrencinin "Seferli, Kiler ve Flazine" odalarına bağlı meslekî öğrenimin hangi dalında derinleşip gelişeceği de geniş ölçüde bireysel ilgi ve yeteneklere göre kararlaştırılan hususlardı.
Bu hali ile Enderun hazırlık okullarının, çok amaçlı okul program ve örgütüne oldukça benzerlik gösterdiklerini ileri sürmek yanlış olmaz.
Bundan başka Büyük ve Küçük odaların programları ise bir açıdan yükseköğrenimden bugün yaygınlaşmağa başlayan bir niteliği de yansıtmaktadır: Bu sınıflarda belirli bir alanda ihtisaslaşmaya dönük bir eğitim yerine hazırlık okulun- dakinin uzantısını andıran genel eğitim tutumun benimsendiği söylenebilir. Asıl ihtisas öğrenimi bu iki odanın üzerinde başlayan Seferli Odasında belirmektedir. Bu yüzden bugün yararlı olmadığı kabul edilen, yükseköğrenimin başından itibaren dar bir uzmanlık alanına dönük tek yönlü insan yetiştirmenin sakıncaları sanki Enderun programları içinde de sezinlenmiş izlenimini vermektedir.
Bu konu üzerinde durulurken günümüzün eğitim sorunlarından birisi üzerinde de kısaca durmak yararlı olabilir. Daha önce de belirtildiği gibi imparatorluk devrinin yalnız saray okuluna öz uygulamaları ile günümüzün kitleye dönük eğitiminin özelliklerini ve sorunlarını karşılaştırmak elbette doğru olmaz. Fakat bu karşılaştırmayı uygulamaların gerisindeki eğitim felsefe ve anlayışı açısından yapmakta sakınca değil yarar olabilir. Enderun'daki eğitim felsefesi ve uygulamaları bireyleri özelliklerine en uygun düşecek eğitim koşulları içinde en iyi biçimde eğitmeyi amaç edinmişti. Ancak uzun denemelerden sonra bir öğrencinin okul düzeni dışına atılması yoluna gidilirdi.
Buna karşılık bugünkü okul uygulamalarımızın amaçlarında bireysel farklılıklara ve bunların eğitim, öğretimde dikkatle ele alınmasına yer verilmekle beraber uygulamalarda sanki bu ayrıcalıklar yokmuşçasına davranılmaktadır. İlkokulun birinci sınıfından itibaren bütün öğrencilerden aynı bilgi ve becerileri yaklaşık olarak eşit süreler içinde edinmelerini istiyoruz.
Ortaokul ve liselerimizde bütün öğrencilerin aynı sınıfta "11 - 16" tür bilgi ve beceri alanında gene eşit bir süre içinde yaklaşık olarak benzer başarılar sağlanması beklenmektedir. Bu konulardan her hangi birisinde sayılan öğrenci ötekilerden yeterince başarılı da olsa sınıf tekrarlamak zorunda kalmaktadır. Bu başarısızlık iki yıl tekrarlanırsa öğrenci belgelenip okul dışına atılmaktadır.
İlkokul birinci sınıftan lise son sınıfa kadar her yıl başarısızlık oranı sınıftan sınıfa bir değişiklik göstermekle beraber ortalama yüzde "25" in altına düşmediği anlaşılmaktadır.
Çeyrek yüzyıldan beri orta dereceli okullardan ikili örgütün bir yana bırakılıp çok amaçlı okul örgütüne gidilmesinin sözü edilmektedir. Ayrıca sınıf geçme yerine ders geçme ve seçmeli dersler rejiminin uygulanmasının yıllık ders çeşitlerinin azaltılmasının başarısızlık ve belgelenme durumunu geniş ölçüde çözebileceği söylenmektedir. Fakat bu yönde alınan kararlar ve girişilen sınırlı denemeler yaygınlaşmak şöyle dursun bir kaç yıllık uğraşıdan sonra unutulup kalmaktadır.
Eğitim tarihimizde Enderun gibi bir örnek ve gelenek bulunduğu halde ve örneğin birçok Batılı araştırıcılarca günümüzün eğitim anlayış ve uygulamalarına göre bile açık üstünlükleri bulunduğuna değinilmesine rağmen bu millî yaşamlara sırt çevirmek en azından zararlı